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マイクロアレイで用いられる。光感受性のあるモノヌクレオチドに穴で光をあてると、光保護基が壊れる（photomaskingという）が、そこにモノヌクレオチドをくっつけるをくりかえし、オリゴヌクレオチドを作るつまり、DNAプローブ(DNAチップ）を作る。
DNAの複製cDNAは、ファージミド（プラスミド型）やサイクルシークエンスによる直線法がある。ファージミドのものは、挿入断面にその逆の3' をつけたプライマでプライミングするが、その配列はクローニング部位前後のベクター配列と相補的なので共通プライマと呼び、新しいDNA鎖を合成。直線型は、熱変性とアニーリングを繰り替えして直線的に増幅できる。